En el año 1998 la Universidad de la República integró un grupo de trabajo sobre evaluación institucional (Comisión Central de Evaluación Institucional), el que comenzó a generar lineamientos generales para todos los servicios que se adherían al proceso voluntario de evaluación institucional.
La gran mayoría de las Facultades realizaron en el primer quinquenio del Siglo XXI culminaron un proceso que incluyó Autoevaluación y Evaluación Externa, compuesta esta última por la visita de tres expertos, al menos dos de ellos extranjeros.
A partir de la Evaluación se elaboraba un plan de desarrollo estratégico para cinco años de cada Servicio.
Para orientar la Evaluación Institucional la Comisión Central de Evaluación Institucional elaboró tres documentos:
- Lineamientos para un programa de evaluación institucional de la Universidad
- de la República.
- Pautas para la presentación del informe de auto-evaluación.
- Pautas para la evaluación externa.